年開始的系統解析與分子生物學證據表明，正如林奈分類法，番茄和馬鈴薯分為同一屬是正確的，番茄的學名應為“SolanumLycopersicum”，屬于茄屬，而“Lycopersicon”和“番茄屬”的持續使用只能以方便和維護命名穩定性為由。番茄的英語單詞“tomato”源自西班牙語“tomate”，西班牙語詞源于納瓦特爾語“tomatl”，意思是“杜鵑花的果實”“膨脹的果實”，該詞最早出現于1595年。

當西班牙人征服特諾奇提特蘭后，他們使用名字“tomate”將其輸送到世界其它地方，所以許多語言使用與“tomato”類似形式的詞匯來指代紅色的番茄，而不是綠色的“tomatillo”。